За період існування інституту (факультету) його характерною особливістю стала активна науково-дослідна робота викладачів кафедр та студентів. У різний час досліджувалися і продовжують досліджуватися комплексні наукові теми "Історія Середнього Подніпров'я в контексті історії України", "Геополітичні аспекти етнонаціональних процесів на Середньому Подніпров'ї", "Державотворчі процеси на Середньому Подніпров'ї в контексті творення державності України (XVII-ХХ ст.)". Науковий керівник досліджуваних тем - професор А. Ю.Чабан.
В інституті здійснюється дослідження наукової проблематики, пов'язаної з історією українського селянства. З 1999 р. діє Наукове товариство істориків-аграрників, а в 2000 р. відкрито Науково-дослідний інститут селянства, співзасновниками якого є Інститут історії України НАН України, Черкаська обласна державна адміністрація та Черкаський національний університет. Діяльність цього інституту спрямована на дослідження теми "Історичні форми ментальності, соціально-економічної та громадсько-політичної самоорганізації селянства", вивчення широкого кола питань аграрної історії України, сутності складних суспільно-політичних і соціально-економічних процесів, що відбувалися в українському селі. Науковий керівник - професор А. Г. Морозов.
З 2000 р. розпочато дослідження комплексної наукової теми "Друга світова і Велика Вітчизняна війни - рубіжні події в історії світу й України", розробка якої координується з відділом історії України періоду Другої світової війни Інституту історії НАН України. Базовою для дослідження теми є кафедра всесвітньої історії. Науковий керівник - професор О. Г. Перехрест. Викладачі та аспіранти кафедр інституту історії і філософії мають змогу публікувати результати своїх наукових досліджень у 4 фахових виданнях інституту - "Вісник Черкаського університету. Історичні науки", "Вісник Черкаського університету. Філософія", "Український селянин" та "Гуржіївські читання".
За ініціативи науковців інституту на базі Черкаського національного університету імені Богдана Хмельницького систематично, спільно з Інститутом історії, Інститутом філософії НАН України та іншими науковими центрами України, проводяться міжнародні, Всеукраїнські та регіональні наукові та науково-практичні конференції. Серед них - вісім Всеукраїнських історичних читань з проблеми "Українська козацька держава: витоки та шляхи історичного розвитку", Всеукраїнська наукова конференція "Історичне краєзнавство в Україні: традиції і сучасність", Всеукраїнська наукова конференція "Велика реформа 1861 року", присвячена 140-річчю скасування кріпосного права, міжнародна наукова конференція "Етносоціальні процеси на Середньому Подніпров'ї", вісім Всеукраїнських наукових симпозіумів з проблем аграрної історії України, Всеукраїнський науковий симпозіум "Українська державна ідея: історія і сучасність", міжнародна конференція з проблем воєнної історії, шість науково-краєзнавчих конференцій "Черкащина в контексті історії України" та цілий ряд інших наукових заходів.
У роботі конференцій та симпозіумів брали участь провідні вчені Інститутів НАН України, вищих навчальних закладів Києва, Одеси, Львова, Харкова, Дніпропетровська, Донецька, Запоріжжя, Кіровограда, Луцька, Луганська, Чернігова та багатьох інших міст України, науковці Росії, Білорусії, Німеччини, Нідерландів, Польщі та інших зарубіжних країн. За результатами проведених конференцій видаються збірники матеріалів, у яких вміщено статті, повідомлення та тези доповідей учасників конференцій.
З 21 травня 2003 р. при Черкаському національному університеті імені Богдана Хмельницького розпочала роботу спеціалізована вчена рада К 73.053.01 із захисту кандидатських дисертацій зі спеціальностей: 07.00.01. - Історія України, 07.00.06. - Історіографія, джерелознавство та спеціальні історичні дисципліни, 07.00.02 - Всесвітня історія. З 2003 по 2013 рр. її очолював доктор історичних наук, професор Морозов Анатолій Георгійович. З 2012 р. голова вченої ради - доктор історичних наук, професор Корновенко Сергій Валерійович, вчений секретар - доктор історичних наук, доцент Земзюліна Наталія Іванівна. За час роботи ради в ній захищено понад 90 дисертацій.
Викладачі Інституту беруть активну участь у громадському житті. Професор А. Г. Морозов очолює обласну організацію товариства "Знання", професор В. М. Мельниченко - обласну організацію Національної спілки краєзнавців України, професор В. В. Масненко - черкаський осередок Наукового товариства імені Шевченка. До наукового пошуку активно залучаються студенти. У процесі навчання фактично всі студенти охоплюються різними формами науково-дослідної роботи, результати якої реалізовуються при написанні рефератів, курсових, кваліфікаційних та дипломних та магістерських робіт, у доповідях на засіданнях наукових гуртків та проблемних груп, наукових конференціях.